AIが働けるフォルダ構造｜常に読ませるものと、必要なときだけ読ませるものの分け方

01なぜ起きるのか：読ませる量が増えるほど、AIは守らなくなる

Claude Code は、会話を始めるたびに何も覚えていない状態から始まります。公式ドキュメントによれば、会社の事情を引き継ぐ手段は大きく2つです。1つは人が書く指示ファイル（CLAUDE.md）、もう1つは Claude 自身が書き溜めるメモ（auto memory）です。

どちらも「いつ読まれるか」が決まっています。ここが、フォルダ設計の出発点です。読まれ方の違いを、公式の説明に沿って整理しました。

WHEN IT IS READ会社の事情をAIに渡す仕組みと、読まれるタイミング

• 仕組み会社の事情をAIに渡す
  • A毎回読まれる起動時に読む
    • CLAUDE.md（一番上の階層）起動時に全文。毎回の固定費になる
    • メモリ（auto memory）索引（MEMORY.md）の先頭200行か25KBまで
  • B触ったときだけ読まれる該当の作業に入ったとき
    • サブフォルダの CLAUDE.mdそのフォルダのファイルを読み書きしたときだけ
    • rules（.claude/rules/）対象を指定すると、該当ファイルを扱うときだけ
    • スキル（SKILL.md）名前と説明は常に。本文は使うときだけ
  • C機械が実行する文章として読ませない
    • hook・権限設定（deny など）必ず守らせたい動作や禁止を、機械が実行する

読ませる量が増えると、守られなくなる

公式の「Extend Claude Code」は、CLAUDE.md を「常に知っていてほしいこと」、スキルを「ときどき必要な参照資料や手順」と分けています。CLAUDE.md の肥大化への対処も、手順書はスキルへ、領域別のルールは rules へ、と明記されています（閲覧日 2026年10月14日）。

書いた量が増えるほど、AIが読む量も増えます。読む量が増えるほど、1行あたりの効き目は下がります。公式の目安は1ファイル200行未満で、長いと重要なルールが埋もれて、守られにくくなります。さらに、指示は強制ではありません。「削除しないで」と書いても、保証にはなりません。

2026年10月時点で変わったこと

1つ目の変化は、指示ファイルが各社のツールをまたいで標準になったことです。OpenAI が公開した AGENTS.md は、Anthropic の MCP、Block の goose とともに、2025年12月9日に Linux Foundation 傘下の Agentic AI Foundation に寄贈されました。スキルの形式（フォルダに SKILL.md を置く形）も公開規格になり、Codex、Cursor、Gemini CLI、GitHub Copilot などが対応しています。Claude Code も、AGENTS.md を読めるようになりました。CLAUDE.md の中から AGENTS.md を読み込む形も、公式が認めています。

2つ目は、2025年前半までの前提がいくつか古くなったことです。カスタムコマンド（.claude/commands/）はスキルに統合され、新しく作るならスキルです。既存のコマンドは、そのまま動き続けます。AIの目を通して見たとき、フォルダの名前、階層、日付は関連性の手がかりになります。Anthropic のエンジニアリングブログは、AIに渡す情報を「できるだけ少なく、意味の濃いもの」にする考え方（コンテキストエンジニアリング）を示しています。

02どうすればいいか：置き場所を決める5つの手順

設計は、5つの手順で進めます。最初の2つで「何を、どこに書くか」を決め、残りの3つで、階層・フォルダ・禁止の設定を整えます。

5 STEPSAIが働けるフォルダ構造を作る、5つの手順

手順 1情報を2つの山に分ける

毎回読むものと、必要なときだけ読むものに分ける

読ませ方

手順 2判定表で、書く場所を決める

CLAUDE.md・スキル・hook・メモリなどから、置き場を選ぶ

置き場

手順 3CLAUDE.md を3階層に置く

全社・事業・案件。下の階層は、触ったときだけ読まれる

階層

手順 4フォルダを3層で分ける

用途でなく成熟度で、素材・作業・成果物に分ける

フォルダ

手順 5禁止は設定で止める

削除や送信は、文章に加えて設定で止める

安全

手順1：情報を「常に読ませるもの」と「必要なときだけ読ませるもの」に分ける

設計の出発点は、情報を2つの山に分けることです。

ALWAYS / ON DEMANDAIに読ませる情報の2つの山

常に読ませる（起動のたびに全文）

• 会社の概要と、守る決まり
• 置き場所を判断する表
• 削除・送信・上書きの基本ルール
• どこに何があるかの入口（1〜2行）
• 目安は200行未満

→

必要なときだけ読ませる

• 作業ごとの手順（スキル）
• 特定の種類のファイルのルール（rules）
• そのフォルダ固有の決まり（サブフォルダの CLAUDE.md）
• 長い参照資料、データベースの構成の説明
• 変わる事実（作業ログ、メモリ、業務ツール）

右の山に「変わる事実」が入っているところが肝心です。案件の進み具合、今週のTODO、担当者の異動のような情報は、書いた瞬間から古くなります。固定の場所に書くと、AIは古い前提で動きます。

手順2：書く場所を、判定表で決める

実際に迷うのは、「この内容はどこに書くか」です。公式の使い分けに合わせて、書く場所を表にしました。

迷ったときの問いは3つです。

1. 毎回の作業で使うか。使うなら CLAUDE.md、特定の作業だけならスキルか rules です。
2. 変わる情報か。変わるなら、作業ログかメモリか業務ツールに置きます。CLAUDE.md には書きません。
3. 破られたら困るか。困るなら、文章に加えて設定（deny や hook）で止めます。

非エンジニアの会社では、スキルは「作業手順書」と読み替えると分かりやすくなります。毎回の作業で使う決まりは1枚の短い心得に、特定の作業の手順は、使うときにだけ開く手順書にします。

手順3：CLAUDE.md を、全社・事業・案件の3階層に置く

CLAUDE.md は、1枚に全部を書かず、フォルダの階層に合わせて置きます。公式も、ルートに全社共通、各領域のフォルダにその領域固有のルールを置き、その領域の担当者が保守する形を勧めています。

LAYERSCLAUDE.md を置く3つの階層と、読まれるタイミング

毎回（起動時）全社

会社の概要／フォルダ構成／置き場所の判定表／ファイル名の付け方／安全ルールの入口

短く保つ

その事業のフォルダに入ったとき事業

事業固有の用語と決まり／担当するAIの役割と口調／よく使う手順書への入口

事業の担当者が直す

その案件のフォルダに入ったとき案件・顧客

その顧客との約束事／出してはいけない情報／呼び方／過去の経緯への入口

変わらないことだけ

この階層には、副産物があります。作業しているフォルダによって、AIの役割と口調を切り替えられます。会社の一番上では全体を見て作業を振り分ける役、事業のフォルダではその事業の責任者の視点、クライアントのフォルダではその会社の担当、という具合です。役割と口調は、そのフォルダの CLAUDE.md に書きます。全社のルールは下の階層に引き継がれ、変わるのは役割だけです。

階層ごとに守る決まりは3つです。上の階層に書いたことを、下の階層で繰り返しません。矛盾すると、AIがどちらかを適当に選ぶことがあります。下の階層には、変わらない規約だけを書き、状態は作業ログに置きます。新しいクライアントのフォルダは、ひな形から作り、毎回ゼロから書きません。

手順4：フォルダは、素材・作業・成果物の3層で分ける

ここからは、具体的なフォルダの例です。従業員10〜50人の会社を想定しています。会社の規模や業種に合わせて直してください。番号は10刻みにして、あとから間に差し込めるようにします。

FOLDER LAYOUT10〜50人の会社のフォルダ構造の例

• 共有フォルダ一番上CLAUDE.md と AGENTS.md を置く。先頭で読み込む
  • 10_社内業務/会社基本、経営、人事、経理・法務、営業・マーケ、システム、AI活用、ナレッジ。下は2桁の番号で10刻み
  • 20_事業/事業ごとのフォルダ。それぞれに CLAUDE.md。事業の直下は、設計／共通素材／業務／顧客／受け皿。案件フォルダの中身は 10_素材／20_作業／30_成果物
  • 30_録音と議事録/会議の録音と文字起こし。年月ごと（YYYYMM）のフォルダ
  • 90_受け皿/作業中・一時ファイル。一時置き場であって保管場所ではない
  • 99_退避/古いもの、使わなくなったもの。年ごと（2026 など）に分ける

事業や案件のフォルダの中身は、中身の成熟度で3つに分けます。資料の種類では分けません。

3 LAYERS案件フォルダの3層と、移すタイミング

10_素材集めたままのもの

資料、録音、取引先から届いたファイル。迷ったらここに入れる

迷ったらここ

20_作業手を加えている途中のもの

素材に手を加えた瞬間に、素材から移す

手を加えたら移す

30_成果物人に見せたもの、送ったもの

人に見せた瞬間に、作業から移す

見せたら移す

資料の種類で分けると、議事録なのか資料なのか契約なのか、毎回の判断が要ります。迷ったら素材に置くと決めておけば、置き場所で止まる人がいなくなります。AIも同じ表を読めば、新しいファイルを決まった場所に置けます。クライアントのフォルダの中に、一時置き場（受け皿）は作りません。送付した事実は業務ツールに記録し、フォルダで版を管理することも避けます。

ファイル名は、日付（YYYYMMDD）から始めます。並べたときに時系列になり、AIにとっても新しさの手がかりになります。新しく作る文書の先頭には、事業、顧客、種類、日付、状態の5項目を書く決まりにすると、将来、検索で絞り込むときの値になります。

社員の評価や1on1の記録のように、個人が特定できる記録は、全社のフォルダとは別の、閲覧できる人を絞った場所に置きます。判断の軸は「本人に見せられないものは外に出す」です。コードは、共有フォルダに置かず、手元の開発用フォルダに置いて git で管理します。クラウドの同期とのぶつかりでリポジトリが壊れるのを避けるための判断で、これは公式の見解ではなく、筆者の経験則です。

手順5：禁止は、設定で止める

CLAUDE.md に「ファイルを消さないこと」と書いても、それは守ってほしいというお願いです。公式は、CLAUDE.md を「文脈であって、強制される設定ではない」と説明し、守らせたい禁止は PreToolUse hook や権限設定で止めるよう勧めています。権限設定は、deny（拒否）、ask（確認）、allow（許可）の順に判定され、最初に当たったものが優先されます。禁止は、次の2段に分けると運用しやすくなります。

2 LEVELS禁止の2段階と、止め方

確認してから行う

• 既存ファイルの上書き・移動
• 公開URLの発行
• 共有設定の変更
• 課金が発生する呼び出し
• 止め方：内容を見せて、人が「はい」と言ってから行う

→

絶対にやらない

• 削除
• 対外送信（メールや投稿）
• 強制上書きなどの取り消せない操作
• 資格情報の取り扱い、お金が動く操作
• 止め方：文章に加えて、権限設定の deny で機械的に止める

この2段の書き方は、AGENTS.md の1枚に集めておくとよいです。複数のAIツールが同じファイルを読め、設定で止められるツールには、同じ内容を設定にも入れます。止められないツールには、メールなどの送信ができる接続をそもそもつながない、という使い方をします。

deny にも限界があります。公式は、ファイル名を明示しない命令（たとえば中身を全部検索するコマンド）は、deny をすり抜けることがあると書いています。確実に止めたいときは、OSの機能で範囲を絞る sandbox を併用するよう勧めています。副作用のある手順（送信、削除など）のスキルは、AIが勝手に呼ばない設定にもできます。

03注意点：放っておくと崩れる4つの原因と、やってはいけないこと

きれいなフォルダ構造は、半年ほどで崩れがちです。崩れ方には型があります。4つの原因に、置いておくとよい仕組みを対応させました。

CAUSESフォルダと CLAUDE.md が崩れる4つの原因と、置く仕組み

原因1　担当者がいない

起きること「気づいた人が直す」と、誰も直さない

置く仕組み直す人を、役割で決める

原因2　文書が太る

起きること「困ったら1行足す」だけで、消さない

置く仕組み行ごとに「消したら間違えるか」を問う。200行を目安に、超えたら移す

原因3　変わる事実

起きること固定の場所に書いた古い情報で、AIが動く

置く仕組み作業ログと業務ツールに置く

原因4　出口がない

起きること受け皿がゴミ置き場になる

置く仕組み90日更新がなければ退避する。実際の削除は人が承認する

崩さないための6つの仕組み

担当者を決める。全社の CLAUDE.md は経営の側、事業の CLAUDE.md はその事業の責任者、というように、直す人を名前ではなく役割で決めます。公式ブログの「Steering Claude Code」（2026年6月18日）も、CLAUDE.md に担当者を置くよう勧めています。

行ごとに「消したら間違えるか」を問う。消しても AI が間違えないなら、その行は削ります。公式の best practices が示す「コードから分かることは書かない」という考え方に沿った問いです。逆に、追記する基準は「同じミスを2回したとき」「同じ訂正を毎回入力しているとき」です。1回の失敗では足しません。

200行を目安に、超えたら移す。超えた分は、スキル、rules、サブフォルダの CLAUDE.md に移します。点検用に、公式にも指示ファイルを診断する機能（/doctor）があります。

変わる事実は、作業ログと業務ツールに置く。作業を終えるたびに、担当フォルダの月別ファイルへ1行追記する形が続けやすくなります。1行は「何をいつ終えたか」だけにして、長い経緯はセッションの記録に回します。書かれていない作業は「なかったこと」になる、と決めておきます。

人が決めることを、先に線引きする。外に出るもの、お金、人、戻せないこと、デザインやトーンの好みは、人が決めます。AIが決めて進めてよいのは、内部で完結し、元に戻せるものです。人に回すものは一覧にして、答えをもらったらその場で台帳を更新します。翌日以降の巡回には任せません。

受け皿に出口を決める。新しいファイルは、最初は受け皿に作ります。行き先が決まったら移します。90日更新がなければ退避フォルダへ。作業の残骸（_tmp_ で始まるもの、0バイト、重複、.bak）は、承認なしで退避フォルダに移します。実際の削除は、四半期に一度、人が承認します。受け皿の直下は20件以内が目安です。迷ったときは、削除せず退避します。

評価の基準も、同じ考え方で更新し続けるものとして扱えます。AI活用レベルの決め方の記事で書いた3つの評価軸も、半期に一度の見直しを前提にしています。

やってはいけないこと

• 他人の CLAUDE.md を、そのまま貼って始める。他社の事情が入った行は、自社では「消したら間違えるか」の問いを通りません。最小から始めて、同じミスを2回したときに足します
• 変わる状態を CLAUDE.md に書く。「今週のTODO」「現在の担当」は、書いた翌週には古くなりがちです。作業ログに置きます
• 守らせたいことを、文章だけで済ませる。削除や送信は、設定で止めます。お願いは、保証になりません
• 1回の大掃除で終わりにする。1時間で整えても、担当者と出口がなければ、半年後に元に戻りがちです
• 鍵やパスワードを、指示ファイルや共有フォルダに書く。外部サービスとの接続は、鍵を直接書かず、環境変数で参照します。資格情報を含むファイルは、退避せず、人が直接削除します

04運用して確かめた目安：置き場所の判断を、書く前に決める

CLAUDE.md を整える作業の大半は、書くことより置き場所の判断です。

05よくある質問と、まとめ

よくある質問

今日やる5つ

全部を一度にやる必要はありません。公式も、設定は少しずつ育てるよう勧めています。今日は次の5つだけです。

1. AIを動かす専用の作業フォルダを1つ決める（10分）。デスクトップや書類フォルダの直下では起動しません。関係のないファイルまで操作の対象になるからです
2. CLAUDE.md を20行で書く（20分）。会社の概要を3行、守る決まりを5つ、置き場所の判定表を3行。足りないものは、使いながら足します
3. 止めたいことを3つ決める（15分）。削除、外への送信、上書き。設定は、社内でITに詳しい人か外部に頼みます。CLAUDE.md の文章だけで済ませません
4. 受け皿と退避の出口を決める（10分）。「90日更新がなければ退避」と1行書き、カレンダーに90日ごとの点検を入れます
5. CLAUDE.md の担当者を決める（5分）。役割で決めます。月に一度、全行に「消したら間違えるか」を問う日を決めます

まとめ

1. AIが働けるかどうかは、フォルダの見た目より、毎回何を読ませるかで決まる。毎回読ませるのは短い心得に絞り、手順や領域別の決まりは、触ったときだけ読まれる場所へ移す。
2. 変わる事実と、守らせたい禁止は、CLAUDE.md の文章に頼らない。事実は作業ログやメモリへ。禁止は権限設定や hook で止める。
3. 整えたあとに崩さない仕組みを先に置く。担当者、「消したら間違えるか」の問い、200行の目安、90日の退避。仕組みがあれば、半年後も同じ形が保たれる。

AIが仕事を持つほど、人に残るのは組織の仕事、つまり何をAIに任せ、何を人が決めるかです。フォルダ構造と指示ファイルは、その決めごとを文章と置き場所に落とした設計図です。会社の仕事をAIに任せる場合の考え方は、METHODにも書いています。公式の目安や仕様は、いずれも2026年10月時点のものです。